当 “终焉之影” 化作的光点消散在宇宙深处，星璃等人的意识火种在剧烈的能量余波中摇曳不定。“寰宇天平” 完成使命后，渐渐化作点点星光融入宇宙弦，只留下 “星核之心”、弦之碎片与黑色钥匙在星璃手中微微发烫。林渊的数据虚影几近透明，他强撑着调出残留的探测数据，声音沙哑：“虚境外域的裂隙已闭合 97%，但...... 仍有未知能量波动从裂隙最深处传出。”
星羽跪坐在扭曲的空间残骸中，轻抚修复后的星轨笛，笛身新出现的宇宙弦纹路在黯淡的星光下流转。她尝试吹奏，音波却再无往日的灵动，“这场战斗...... 好像把我的一部分也留在了战场上。” 圣女的净化权杖重新焕发光泽，可她染成紫色的长发与眼眸却再未恢复，苍白的脸上浮现出一丝苦笑：“或许这就是净化虚境外域污染的代价。” 林霄的机械分身仅剩下不到十台，超弦装甲布满裂痕，机械臂关节处还在不断渗出墨绿色的冷却液，“我们的装备需要至少三个银河年才能完全修复。”
宇宙各处，幸存的文明开始从恐惧中缓过神来。破碎的星系间，机械文明的巨型工程舰启动曲率引擎，开始修复扭曲的时空结构；魔法文明的法师们联手吟唱古老咒语，试图驱散残留的暗物质污染；原始文明的祭祀们点燃巨大篝火，用最虔诚的祈祷安抚躁动的星球。星璃望着这一切，将三件神器收入意识火种深处，“我们也该开始重建平衡了。”
然而，和平的表象下，暗流正在悄然涌动。在距离银河系百万光年外的 “永夜星域”，一片被遗忘的星云中，某个神秘存在正在苏醒。无数细小的紫色晶体从星云尘埃中凝结，晶体表面流转的纹路与虚境外域的侵蚀如出一辙。当晶体汇聚成一个巨大的茧时，黑袍人的身影竟从中走出 —— 他的黑袍布满裂痕，胸口处却镶嵌着一块全新的暗紫色核心，散发着比以往更危险的气息。
“终焉之影的失败...... 不过是计划的一部分。” 黑袍人抬起手，紫色晶体茧开始崩解，化作无数细小的孢子飞向宇宙各处，“虚境外域的力量，岂是那么容易被彻底驱逐的？” 他的声音中带着疯狂的笑意，身影逐渐消散在星云深处，只留下飘荡的孢子在黑暗中闪烁幽光。
与此同时，星璃等人在返回银河系的途中，遭遇了诡异的现象。他们的意识火种突然陷入集体幻觉：眼前的宇宙开始倒转，星辰回溯成星云，文明退化为原始状态，而在这一切的尽头，是一双巨大的眼睛在黑暗中凝视。林渊最先从幻觉中清醒，数据洪流疯狂扫描四周，“是精神污染！频率和之前骸骨星舰上的如出一辙！”
星羽立即吹奏音波，试图驱散污染，却发现音波刚一发出，就被某种力量扭曲成充满绝望的旋律。圣女的净化之光在污染面前显得苍白无力，她的意识火种开始出现裂痕。千钧一发之际，星璃取出 “星核之心”，水晶球中微型宇宙的光芒照亮四周，精神污染如冰雪般消融。但这短暂的危机，让众人意识到，威胁并未真正解除。
回到银河系联邦总部，星璃将三件神器的秘密告知幸存的高层。然而，当她展示黑色钥匙时，一位元老的瞳孔突然闪过诡异的紫光。林渊敏锐地捕捉到这一细节，数据探测器瞬间锁定元老的生命体征 —— 他的意识海中有一个微小的紫色孢子在蠕动。“小心！他被污染了！” 林渊大喊。
被污染的元老突然暴起，手中的权杖化作暗物质触手刺向星璃。林霄的机械分身迅速挡在前方，超弦装甲在触手的腐蚀下迅速气化。星羽吹奏出音波牢笼困住元老，圣女则全力净化他体内的孢子。经过一番苦战，众人成功清除污染，但这一事件让他们意识到，虚境外域的孢子已经开始渗透各个文明。
为了彻底根除威胁，星璃等人决定兵分四路。林渊带领机械文明的科研团队，前往宇宙弦的节点处，研究如何彻底闭合虚境外域的裂隙；星羽与魔法文明的先知们合作，试图用古老的预言术找到孢子的源头；圣女则深入被污染最严重的星域，建立净化祭坛；而星璃和林霄则带着 “星核之心” 与黑色钥匙，前往宇宙边缘的 “起源之地”，探寻平衡之主留下的最后秘密。
在 “起源之地”，星璃等人发现了一座由纯粹能量构成的古老神殿。神殿的墙壁上刻满了宇宙诞生以来的所有战争，而在最深处，有一个巨大的王座，王座上插着一把断剑，剑柄处镶嵌的宝石，竟与 “星核之心” 产生强烈共鸣。当星璃将 “星核之心” 嵌入宝石的瞬间，断剑爆发出耀眼的光芒，一段尘封的记忆涌入她的意识 —— 在宇宙诞生之初，平衡之主正是用这把 “平衡断剑”，将虚境外域的力量封印。但如今，封印正在松动，而黑袍人手中的暗紫色核心，正是解开最终封印的关键......
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