三人互望了一眼后，四件事基本都与与吏部有关，方从哲只得轻咳一声站起来躬身回道：“禀陛下，老臣以为除了恢复张文忠公所有荣誉外，还应追责当年陷害张文忠公后人的官员！”
朱由校点点头道：“追责之事便交给吏部与三法司去处理，除了恢复张文忠公的所有荣誉，朕以为不仅要赦免强加在他后人身上的一切处罚，同时还应给予一定的补偿。
朕说的补偿不仅仅只是还回张文忠公老家的房屋与田产，还应多给一些恩荫，另外在京城与荆州兴建张文忠公祠，享受世人的祭拜！”
“是，陛下，老臣遵旨！”方从哲躬身回道。
“嗯，朕觉得对于张文忠公此等于大明有大功的柱石，理应配享太庙，不知三位阁老以为如何？”朱由校突然问道。
身为张居正老乡的李长庚，立马激动地站起来答道：“禀陛下，臣以为甚妥！”
对于大明历代皇帝中首次肯将文官配享太庙的先例，唯一配享太庙勉强算文官的官员还是姚广孝这个妖僧，方从哲与徐光启两人自然是十分赞同。
于是乎，两人跟着附和道：“臣附议！”
“那张文忠公的事情就这么定了，辛苦元辅与徐先生抓紧去办了！”朱由校笑着说道。
朱由校虽然骨子里也不喜欢士绅文官，但却一直搞不懂大明历代皇帝为何不肯将做出大功的文官配享太庙，这样也怪不得大明一朝的文官集团与皇帝的关系十分疏远。
“是，陛下，老臣（臣）遵旨！”方从哲与徐光启躬身回道。
紧接着，方从哲试探着问道：“禀陛下，除了张文忠公，是否还要增加其他于大明有大功的官员？”
朱由校脑中快速过了一遍明朝历代知名文官，虽然有几个在后世十分知名的文官，但在朱由校看来，他们更多是为了个人的声望，对大明与历史发展并没有做出突出的功绩。
见方从哲发问，朱由校反问道：“不知元辅以为，当增加哪些官员合适？”
“回陛下，老臣以为洪武朝的诚意伯，永乐朝的蹇少师、夏太师，宣德朝的三杨与英国公，景泰朝的于少保，成化朝的李文达公与商文毅公，弘治朝的刘太师与李文正公，正德朝的杨文忠公，嘉靖朝的张文忠公与新建侯，隆庆朝的高文襄公等，于大明有大功，可酌情配享太庙！”方从哲躬身回道。
“徐先生与李阁老以为如何？”朱由校没有急着答复方从哲，而是问向徐光启与李长庚。
徐光启与李长庚也选不出比方从哲推选的更合适人选，只得跟着附议道：“回陛下，臣附议！”
朱由校权衡一番后说道：“这样吧，一下子配享太庙的官员不宜太多，就选诚意伯、杨文贞、英国公、于少保、新建侯、张文忠几人一起配享太庙。另外，再加上戚少保，并且尽快恢复戚少保的荣誉，加左都督！”
朱由校选的七人，虽然有五位文官，但五人中有三人有较大军功，杨文贞就是杨士奇，辅佐宣德与前期正统帝有功入选，而英国公便是张辅，自开国与靖难之后唯一对开疆拓土有大功的武将。
永乐初年，收复安南，设立交趾布政司，就是他的杰作。
至于戚少保，自然指的是戚继光，南抗倭虏，北拒蒙古，此外他还革新了大明的军事方略，虽然没有为大明开疆拓土，但却守护了大明的安宁，并且没有给大明带来不好的恶果，而且朱由校也需要给武将们树立一个摸得着的新目标。
三人见朱由校已做决定，虽然人数与他们期盼的有点差距，但也算是一大进步，于是乎纷纷躬身答道：“是，陛下，臣遵旨！”
“既然配享太庙之事已有结论，继续议议此次军饷案之事吧！”朱由校转换话题道。
话音刚落，三人你看我我看你，气氛一时出现了短暂的诡异氛围。
方从哲见气氛尴尬，只得轻咳一声站出来打破沉寂：“徐阁老与李阁老不妨先说说！”
徐光启身为次辅，只得先表态，“回陛下，臣以为当按照大明律处置！”
李长庚因户部也有不少官员牵涉其中，为了避嫌，只得往加重了判罚，“回陛下，臣以为按照大明律不足以惩罚这些乱臣贼子，当在大明律基础上加重三分！同时，臣监管的户部牵涉官员较多，臣甘愿受罚！”
方从哲见其他两位阁员发表完了意见，跟着说道：“回陛下，老臣基本赞同李阁老的意见，大明国事艰难，皆是这些蛀虫所致。至于李阁老提到的自罚之事，当需要再商榷！”
朱由校对于三人的回复，权衡一番后说道：“处罚之事就按照元辅与李阁老之意处理吧，至于李阁老对于户部的确有监管不力之责，这样吧，李阁老不再兼任户部尚书，户部尚书由毕自严接任，毕懋良接任户部左侍郎，右侍郎推选决定吧！”
朱由校停顿了片刻接着说道：“因兵部主要官员现在基本只剩下一个李邦华，就由李阁老暂时兼任兵部尚书吧，等什么时候有了合适的兵部尚书再卸任。
此次兵部与户部空出的官位会非常多，朕希望吏部挑选新官员时能够认真筛选一番，而且今后所有举荐他人的官员加一条连带责任，被举荐官员犯事，举荐官员也负有连带责任！”
方从哲与李长庚躬身回道：“是，陛下，老臣（臣）遵旨！”
朱由校想了一下后，缓缓开口道：“此次军饷案，肯定会牵涉大量官员被抄家，朕许诺了给负责抄家的锦衣卫五十万两，至于内廷与户部还是继续按照四六分吧。
至于犯事官员家属，先安排去修皇陵或修建水泥路，之后再流放西南。
此外，朕登基与大婚皆没有大赦天下，但朕又不想便宜了自朕登基后勾连内廷与此次军饷案的涉事官员，这样吧，朕登基之前的犯事之人，之前该怎么赦免，现在就怎么赦免。
至于朕登基之后的犯事之人，只赦免民间一些不太重要的犯人，至于重犯与犯事官员一律不得赦免！”
三人一同站出来回道：“是，陛下，臣等遵旨！”
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